가거도패총은 가거도 북쪽 끝에 있는 등대의 서쪽 경사면에 있다.이곳은 구릉 정상부의 남서쪽 사면 끝자락으로 해풍을 견딜 수 있는 양지 바른 곳이다. 이 패총은 1968년 서울대 인류학 조사팀에 의해 발견되었고 2005년 국립광주박물관에 의해 학술조사 되었다. 그 결과 신석기시대 전기부터 말기에 걸친 문화요소들을 확보할 수 있었고 패총의 중심연대가 신석기시대 전기와 말기였음을 밝힐 수 있었다. 유물로는 토기류, 석기류, 골각기류 등이 출토되었다