만재도는 섬 전체가 유문암질 응회암으로 형성되어 다양한 형태의 주상절리가 분포하고 해안침식지형, 해식동굴, 해안침식지형인 시아치(sea arch) 등이 잘 발달되어 있다.
만재도 응회암은 고온과 압력에 의해 형성된 용결구조가 쉽게 관찰되는 ‘용결응회암’으로 타지역과 차별성을 보이며, 부석의 함량이 많고 용결되지 않은 장석과 석영 입자 등이 있어 학술적 가치가 매우 높다.
만재도의 남서해안에 집중적으로 발달한 주상절리는 육각기둥의 단면과 수직면이 확인되며 해식지형과 어울려 경관적 가치 또한 탁월해 국가지정유산(천연기념물)으로 지정되었다.